Standards für die Bereitstellung von maßgeschneiderten Testdienstleistungen für Ring-RNA-Chips

Kundenspezifische Prüfung von Ring-RNA-Chips

Technische Einführung des Experiments: ringförmige RNA(ircRNA) ist eine neue Art von RNA, die sich von herkömmlicher linearer RNA unterscheidet und eine geschlossene ringförmige Struktur aufweist, die in großen Mengen im eukaryotischen Transkriptom vorhanden ist. Der größte Teil der ringförmigen RNA besteht aus exotischen Sequenzen, die bei verschiedenen Arten konservativ sind und gleichzeitig Gewebe- und Expressionsspezifizitäten für verschiedene Entwicklungsstadien haben. wegenringförmige RNAEs ist nicht empfindlich für Nukleatasen und ist daher stabiler als lineare RNA, was ringförmige RNA zu einem deutlichen Vorteil für Entwicklungsanwendungen als neue diagnostische Marker macht. Jüngste Studien haben gezeigt, dass ringförmige RNA die Rolle eines miRNA-Schwammes in verschiedenen Arten spielt, die als kompetitive endogene RNA (ceRNA) bezeichnet werden, die in der Lage ist, miRNA kompetitiv zu binden. Die Interaktion mit der krankheitsbezogenen miRNA zeigt, dass die ringförmige RNA eine sehr wichtige Rolle bei der Regulierung der Krankheit spielt.

Experimentelle Betriebsprozesse:

1. RNA-Probenextraktion

2. RNA-Qualitätsprüfung

Nanodrop verwendet, um die Absorptionswerte von RNA im Spektrophotometer 260nm, 280nm und 230 nm zu bestimmen, um die Konzentration zu berechnen und die Reinheit zu bewerten.

② Verwenden Sie das Formaldehyd-Elektrophorese-Reagenz für die Elektrophorese mit degeneriertem Gel, um die Reinheit und Integrität der RNA zu prüfen.

RNA QC Bericht zur Verfügung stellen.

RNase R-Behandlung

Synthese und Markierung von cDNA/aRNA-Proben

Die Qualitätsprüfung der Markierungseffizienz verwendet Nanodrop, um die Effizienz der fluoreszierenden Markierung zu erkennen, und die Markierungseffizienz ist qualifiziert, um die Zuverlässigkeit der Ergebnisse der nachfolgenden Chippexperimente zu gewährleisten.

6. Chip-Hybridisierung

Eine markierte Sonde und ein hochdichter Genomchip werden unter Standardbedingungen gekreuzt.

Bilderfassung und Datenanalyse

Mit dem GenePix 4000B Core Moon-Scanner können Sie die Fluoreszenzintensität des Chips scannen und die Experimentergebnisse in digitale Daten speichern und die Rohdaten mit der zugehörigen Software analysieren.

8. Versuchsberichte erstellen

①Scanning Image: Cy3 Fluoreszenz-Scan-Bild;

②Scatter Plot: Streutpunktdiagramm, die X-Achse ist der Kontrollsignalwert, die Y-Achse ist der Experimentsignalwert, der die allgemeine Verteilungstendenz der Signaldaten darstellt;

②Raw Data: Rohdaten zur Scan-Fluoreszenzsignalstärke der Sonde;

Normalisierte Daten: Werte nach der Standardisierung durch statistische Methoden;

P-Wert: Der T-Test analysiert statistisch die signifikanten Unterschiede in der Expression von Genen, je kleiner der p-Wert ist, desto signifikanter ist die Differenz in der Expression von circRNA zwischen den beiden Gruppen von Proben

Significant Up & Down Regulated CircRNA List: Eine Liste mit signifikanten differenziellen Expressionen von circRNA enthält detaillierte Kommentare zu Fold Change, p-Valuel und circRNA (entsprechende lineare mRNA- und miRNA-Bindungsstellen).

Kunden bieten:

1, das Versuchsgebiet ist eine Gewebeprobe, nehmen Sie eine angemessene Menge (50-100 mg) frischer Gewebeprobe oder eine richtig aufbewahrte Gewebeprobe, verwenden

BioPulverizer TM gefriert zerkleinert Gewebe mit 1 m RNA-Extraktionsmittel TRIzol (Invitrogen) und extrahiert RNA nach Homogenisierung mit Mini-Bead-Beater-16.

Die Probe ist eine Zellprobe, jede Probe nimmt 1x106 ~ 1x107 Zellen und fügt 1m RNA-Extraktionsmittel TRIzol hinzu (die Probe ist eine klebende Zelle, die Menge von TRIzo1 pro 10 cm2 Petrischale ist 1 ml), nach der Klärung extrahiert man RNA.

Lieferstandard:

1. Chip-Erkennungsdaten

Vollständige Arbeitsabläufe, Versuchsberichte (einschließlich der Ergebnisse der Software-Analyse) und Versuchsmaterialien

Experimente im Dienst: