Gene Sequenzierung Probe Vorbereitung System - Samplix Single Cell Analyse

Samplix Single Cell Analysis ist ein vielseitiges und benutzerfreundliches Instrument zur Vorbereitung lebender Säugetier- oder mikrobieller Zellen, Organe, DNA oder anderer biologischer Materialien für eine hochauflösende Downstream-Analyse. Einzelmolekuläre, Zellen, Zellorganismen, Nanopartikelkapsulationen und hohe Durchsatzsortierung möglich. Die DNA-Kapselung ermöglicht es, große und komplexe Genbanken mit der Geschwindigkeit von Qian Su Wei You zu screenen.

Hochfidelitäts-Genbibliothekenzubereiter

Gene Sequenzierung Probe Vorbereitung System - Samplix Single Cell Analyse: Ein hochdurchflussreiches Einzell-, Einzelmolekular- und Nanopartikel-Emulsionssystem für Tropfenverpackung und Sortierung

Wei YiEinzelmolekuläre, Zellen, Zellorganismen, Nanopartikelkapsulationen und hohe Durchsatzsortierung möglich. Die DNA-Kapselung ermöglicht es, große und komplexe Genbanken mit der Geschwindigkeit von Qian Su Wei You zu screenen.

XdropVorbereitungstyp

Gene Sequenzierung Probe Vorbereitung System - Samplix Single Cell AnalyseEs ist ein vielseitiges und benutzerfreundliches Instrument zur Vorbereitung lebender Säugetier- oder mikrobieller Zellen, Organe, DNA oder anderer biologischer Materialien für eine hochauflösende Downstream-Analyse.

Mit unserem Xdrop Kit verpackt Xdrop schnell und sicher lebende Zellen, Organe oder DNA-Fragmente zusammen mit Testchemikalien in Tröpfen mit hochstabilem Hautvolumen. Diese Tropfen sind durch Pipettierung, Wirbeln, Inkubation, Flow-Zytologie, Sortierung und sogar Langzeitlagerung stabil. Noch wichtiger ist, dass Zellen aus Tröpfen für die Vergrößerung zurückgewonnen werden können.

Zusammen mit den geeigneten Analysetechnologien umfassen die Xdrop-Anwendungen:

1 Menschliche Immunzellen, NK-Zellen

2 Enzymsekretion von mikrobiellen Zellen

3 Säugetierzellen sekretieren Zytokinen

4 Validierung der Genbearbeitung, einschließlich der Bewertung von unerwarteten in- und außerhalb des Ziels Umordnungen

Mit Xdrop können Forscher leichter die Zellfunktionen und die Genomik von Menschen, Tieren, Pflanzen und Mikroben verstehen. Xdrop kann auch Single-Lotion-Tropfen für andere Arbeitsabläufe erzeugen, einschließlich der Inkapsulierung von DNA für eine abweichungsfreie genomweite Amplifikation. Wir bieten Ihnen die komplette Reihe von Reagenzien, Kits und Zubehör, die Sie für Xdrop benötigen. Darüber hinaus ist die Benutzerschulung Teil unseres Standard-Xdrop-Installationsdienstes.

Vorteil

1 Xdrop kann lebende Säugetier- oder Mikrobiezellen in hochstabile Doppeltropfen zur Funktionsmessung, Inkubation, Phänotypanalyse und Screening umhüllen.

2 Xdrop Hilfe Beantworten Sie Schlüsselfragen in der Engineering-Zell- und Gentherapieforschung.

3 Xdrop unterstützt Arbeitsabläufe im molekularen Engineering, einschließlich der Enzymevolution und der Pathway Engineering.

4 Xdrop verfügt über eine benutzerfreundliche Oberfläche und eine geringere Fläche, die es jedem Molekularbiologielabor ermöglicht, die Funktionen von Mikroflüssigkeiten* zu nutzen.

Doppelschichtige Emulsionskit

Alle Reagenzien sind in einem Kit enthalten, in dem Millionen von Zellen oder Molekülen pro Operation eingeschlossen werden können.

Xdrop SortierenSortiertyp vorbereiten

Das neue Mitglied der Xdrop-Familie kann in einem benutzerfreundlichen Workflow doppelte Lotionstropfen generieren und sortieren, ohne dass Erfahrung in der fluoreszierenden Zelltrennung erforderlich ist.

Der Arbeitsablauf beginnt mit der Erfassung von 100 kb DNA-Fragmenten, kleinen Einzelzellen oder anderen biologischen Materialien aus hochstabilen Tropfen für Messungen wie PCR und die Bewertung der Enzymaktivität. Anschließend werden die Tropfen basierend auf der Fluoreszenz des Inhalts in den Tropfen sortiert, um nur die Proben zu erhalten, die von Interesse sind, für eine hochauflösende nachgelagerte Analyse, wie z. B.:

CRISPR-Bearbeitung, die keine versteckten unerwarteten PCR-Abweichungen überprüft

Erkennung von Viren und genetisch veränderten Integrationsstellen

Bewertung der Enzymaktivität auf Einzelzellebene

Durchführen eines GFP-Filters mit hohem Durchsatz

Vorteile:

• Fähigkeit, lange Segmente gezielt anzureichern

· Hohe Empfindlichkeit - Einzelmolekularenerkennung

• Aufrechterhaltung der DNA

• Kaum Vorkenntnisse der Sequenzen erforderlich

Kompatibel mit PacBio, Nanopore und Illumina Sequenzierung

· Einfache Einrichtung durch automatisierte Mikrofluidsysteme

• Verkürzung der Umsatzzeit von Wochen auf Tage

Anwendung:

• Strukturelle Veränderungen

Komplexe Proben (z. B. Krebsbiopsie)

Schwierig sequenzierte Bereiche (z. B. reich an GC)

• Genomschluß geschlossen

· Genostatisierung / Genotypisierung / Monopolytypisierung

Verbinden von Resistenzgenen mit dem Wirt

• Sequenzierung von Gebieten mit niedriger Fülle

• Auswertung der wiederholten Regionen

Proben, die nur NACKER-DNA enthalten

Hilfsmaterial

DE50-Patrone - zum Verwickeln von Säugetierzellen in doppelte Lotionstropfen

Erzeugen Sie hochstabile ~100 Liter doppelte Lotion Tropfen, um Säugetierzellen zu verpacken und große Zellen in Einzelzell-Tests umzuwandeln. Die Arbeitsabläufe mit der Xdrop DE50 Cartridge umfassen die Zytokin-Sekretion und die Testung von Zelltid. Laden Sie einfach Reagenzien und Proben, legen Sie das Kit in Xdrop und führen Sie das Programm aus.

8 Proben gleichzeitig oder separat laufen

Bis zu 500.000 Tropfen pro Schwimmweg in 8 Minuten erzeugt, um Tropfen in einer CO 2-Kultivkammer mit Zellen zu inkubieren

Wiederherstellung der ausgewählten Zellen zur Erweiterung

DE20-Patrone - zum Verwickeln von langen Teilen mikrobieller Zellen, Organe oder DNA in Doppeltropfen

Verwenden Sie unabhängige Xdrop DE20-Säulen, um hochstabile Tröpfchen von etwa 1,5 Liter Doppelemulsion zu erzeugen, um Millionen mikrobieller Zellen, Organe oder DNA zu verpacken. Jeder Tropfen dient als Kammer für die Messung der Einzelzellauflösung oder die Anreicherung von DNA-Zielen. Laden Sie einfach Reagenzien und Proben, legen Sie das Kit in Xdrop oder Xdrop Sort und führen Sie das Programm aus.

8 Proben gleichzeitig oder separat laufen

Bis zu 10 Millionen Tropfen pro Schwimmweg in 45 Minuten erzeugt, die in einer CO 2-Kultivkammer mit Zellen inkubiert werden

Wiederherstellung ausgewählter Zellen zur Erweiterung, um einen verschmutzungsfreien Workflow sicherzustellen

DE20-Sortierbox - für die Sortierung von doppelten Emulsionstropfen, die DNA oder kleine Zellen enthalten

Sortieren Sie mit dem neuen Xdrop DE20 Sortierkasten doppelte Emulsionstropfen, die fluoreszierende DNA oder kleine Zellen enthalten. Dieses benutzerfreundliche System wurde speziell für den Einsatz mit unserem neuen Instrument Xdrop Sort entwickelt und erfordert keine Expertise im Bereich der Fluoreszenzsorter. Laden Sie einfach Reagenzien und Proben, legen Sie das Kit in Xdrop Sort und führen Sie das Sortierverfahren aus.

Betrieb von bis zu acht Proben gleichzeitig, Sortierung von Milliarden Tropfen pro Tag, um einen verschmutzungsfreien Arbeitsablauf zu gewährleisten

SE85-Patrone - zum Verwickeln von DNA, RNA, Organen oder kleinen Zellen in Einzeltröpfchen

Herstellen Sie mit einer unabhängigen Xdrop SE85-Patrone eine einzige Lotion-Tropfen, um Millionen von Molekülen, Organen oder Zellen zu verpacken. Jeder Tropfen dient als Kammer für die Messung einer einzelnen Molekül- oder Einzelzellauflösung. Laden Sie einfach Reagenzien und Proben, legen Sie das Kit in Xdrop oder Xdrop Sort und führen Sie das Programm aus.

8 Proben gleichzeitig oder separat laufen

Mehr als 50.000 Tropfen pro Schwimmweg in 40 Sekunden sorgen für einen verschmutzungsfreien Arbeitsablauf

Anwendung

Die proprietäre Mikrofluidik-Technologie von Xdrop erzeugt hochstabile Doppel- und Einemulsionstropfen für die Verpackung von Biomaterialien.

Dieses vielseitige und benutzerfreundliche Instrument verpackt Lebensbestandteile wie lebende Säugetiere und mikrobielle Zellen oder lange DNA-Fragmente für eine Reihe von Downstream-Zwecken, einschließlich Inkubation, Analyse, Klassifizierung und molekulare Spektroanalyse.

Xdrop Sort basiert auf der proprietären Mikrofluidik-Technologie von Xdrop und erweitert die Fähigkeit zur fluoreszierenden Sortierung von Doppeltropfen auf Basis von verpackten Biomaterialien.

Hier einige repräsentative Anwendungen.

Analyse der Zellfunktion:

Menschliche Immunzellen, NK-Zellen

• Enzymsekretion von mikrobiellen Zellen

· Säugetierzellen sekretieren Zytokinen

Genomische Anwendungen:

• Strukturelle Veränderungen

Komplexe Proben (z. B. Krebsbiopsie)

Schwierig sequenzierte Bereiche (z. B. reich an GC)

• Genomschluß geschlossen

· Genostatisierung / Genotypisierung / Monopolytypisierung

Verbinden von Resistenzgenen mit dem Wirt

• Sequenzierung von Gebieten mit niedriger Fülle

• Auswertung der wiederholten Regionen

Proben, die nur NACKER-DNA enthalten

Anwendungen der Pflanzengenomik:

• Bereicherung bestimmter Genomregionen in Pflanzensorten

· Aufdeckung der Struktur von biosynthetischen Genclustern in Gerstensorten ohne Referenzgenome

· Füllen Sie Lücken in der Struktur der biosynthetischen Gencluster in Tomatensorten

Anwendungsbeispiele:

1Genaue Vergrößerung des gesamten Genoms

Tatsächlich wurden 99 Prozent des Zielgenoms mehr als einmal von einer Bibliothekssequenzierung abgedeckt.

Genvergrößerung mit der Xdrop dMDA-Technologie ermöglicht eine zuverlässige und präzise Vergrößerung aller Gene, auch bei Eingaben von bis zu 1 pg.

2. Genetisches Phasing

Das Allel CYP2D6*7 enthält eine Single Nucleotide Polymorphism (SNP), während CYP2D6*25A 22 SNPs enthält.

Die Xdrop-Technologie kann alle 23 Varianten genau erkennen, einschließlich Phasing (siehe Abbildung unten).

Xdrop unterstützt die Anwendung durch einfaches Design und indirekte Sequenzerfassung von langen DNA-Fragmenten (~100 KB). In Kombination mit der langen Lesesequenzierung überwindet Xdrop die Schwierigkeiten bei der Genphase in einer einzelnen genetisch heterogenen Probe.

Die angereicherte hohe Fidelität ermöglicht es, einen oder mehrere SNPs in den Allelen zu erkennen und die Montage von Grund auf zu ermöglichen, strukturelle Veränderungen zu lösen.

Überwachung komplexer struktureller Veränderungen in Genen

Eine detaillierte Analyse der Messungen über den Breakpoint hinweg zeigte, dass mehrere HPV18-Integrationsstellen in der Region auf Chromosom 8 vorhanden waren. Die PacBio-, Oxford Nanopore- und Illumina-Datensätze unterstützen identifizierte Integrationsstellen.

Die Xdrop-Technologie ist eine neue Methode zur gezielten DNA-Anreicherung, die einzigartig ist, dass natürliche DNA-Fragmente ausgewählt, angereichert und sequenziert werden können. Dies erlaubt die Bereicherung großer Teile des Genoms (ca. 100 KB), einschließlich unbekannter Regionen. Mit Xdrop? Die von der Methode generierten langen Fragmente eignen sich nicht nur für die Langlesesequenzierung, sondern liefern auch wertvolle Kontextinformationen für die Kurzlesesequenzen.

Sequenzierung unbekannter Interessengebiete (ROI)

PCR und sondenbasierte gezielte DNA-Anreicherungsmethoden erfordern intensive Designoptimierung und vollständiges Wissen über die Region von Interesse (ROI). Diese herkömmlichen Ansätze scheitern auch bei der Charakterisierung komplexer genomischer Umgebungen (z. B. wiederkehrende Regionen, strukturelle Variationen, GC-reiche Regionen) sowie unbekannte und neu arrangierte Regionen. Um diese Einschränkungen zu überwinden, entwickelte Samplix einen neuen Mikroflüssigkeitsansatz, den Xdrop-angereicherten Workflow, der auf der Erfassung indirekter Sequenzen basiert.

Xdrop kann eine lange (~100 kb) ZielDNA-Region anreichern, die einzelne Protorpaare auf der Detektionssequenz entwerfen muss, die einem kleinen Teil des ROI oder einem Flügelbereich entspricht. Dieser Sub-Amplifier wurde speziell für die Erkennung, Auswahl und Bereicherung des ROI in voller Länge entwickelt, um schließlich die Erfassung und Sequenzierung zu ermöglichen.

Mit Xdrop? Die Fähigkeit der Technologie, diese herausfordernden Regionen zu lösen, öffnet die Tür zu vielen anderen herausfordernden Regionen, die möglicherweise einen großen Anteil des Genoms ausmachen. Die Kombination der Xdrop-Anreicherung mit Long- und Short-Read-Sequenzierungstechnologien bietet die hohe Auflösung, die Sie benötigen, um komplexe genomische Szenarien schnell und kostengünstig zu lösen und die gesamte Genomsequenzierung zu umgehen.

Identifizierung und Bestätigung der CRISPR-Genbearbeitung

Durch ein einfaches Design und die indirekte Sequenzerfassung von langen DNA-Fragmenten hilft Xdrop bei der Identifizierung oft schwer zu finden und kostspieliger GMO-Insertionsstellen.

Zufällige Integrationen im Konstruktionskörper und das Vorhandensein von Hostgenomsequenzen erschweren die Integrationslokalisierung. Xdrop macht die Validierung des Genoms einfach und einfach.

Experimentelle Prozesse

Mischen von dPCR-Reagentien

Die DNA wird einer dPCR-Reaktionsmischung mit zielspezifischen Primern hinzugefügt.

2. Herstellung von Flüssigkeitströpfen

Die Reaktion wird auf einem Tropfengenerator-Chip verteilt, um Wassertropfen (DE) herzustellen.

Hochauflösende Mikrotropfenpolymerase Kettenreaktion

Die Tropfen werden durch einen Wärmezyklus durchgeführt und können Millionen von PCR-Re-Operationen parallel durchführen. Durch die Detektion von fluoreszierenden Tropfen können Tropfen identifiziert werden, die ZielDNA-Moleküle tragen.

4. Zählen und Trennen von Tropfen

Die Detektion und Isolierung erfolgen mit einem Cell Selection Device (FACS), der PCR-positive Tropfen mit ZielDNA-Molekülen sammelt.

5. Erweiterung der DNA

Die angereicherten Einzelmoleküle von langen DNA-Fragmenten werden durch Tropfen-Multi-Displacement-Amplifikation (dMDA) verstärkt, um eine unparteiische DNA-Amplifikation und eine gleichmäßige Abdeckung des Zielbereichs zu gewährleisten.

Referenzen

1. Populationsweite Genstörung im Lungenepithel der Maus durch AAV-vermittelte Abgabe von CRISPR-Cas9-Komponenten Honglin Chen, Steffen Durinck, Hetal Patel, etc.

Mol. Dort. Methoden Clin. Dev. 2022. 27: 431–449; doi: 10.1016/j.omtm.2022.10.016.

2. Target-angereicherte Nanoporen Sequenzierung und de novo Montage enthüllt Co-Auftreten von komplexen On-Target genomischen Umordnungen induziert durch CRISPR-Cas9 in menschlichen Zellen Keyi Geng, Lara G Merino, Linda Wedemann, etc.

Genom Res. 2022. 32(10): 1876–1891; doi: 10.1101/gr.276901.122

3. Charakterisierung von FMR1 wiederholen Expansion und intragene Varianten durch indirekte Sequenz erfassen Valentina Grosso, Luca Marcolungo, Simone Maestri, etc.

Vorne. Genet. 2021. 12: 743230; Doi: 10.3389/fgene.2021.743230

4. Generierung und Analyse innovativer genomisch humanisierter Knockin SOD1, TARDBP (TDP-43) und FUS-Mausmodelle Anny Devoy, Georgia Price, Francesca De Giorgio usw.

iScience. 2021. 24(12): 103463; Doi: 10.1016/j.isci.2021.103463

5. CRISPR/Cas9-Deletionen induzieren nachteilige genomische Auswirkungen auf das Ziel, die zu funktioneller DNA in menschlichen Zellen führen Keyi Geng, Lara Garcia Merino, Linda Wedemann, etc.

bioRxiv 2021.07.01.450727;

6. Alt-RPL36 reguliert den PI3K-AKT-mTOR-Signalweg durch Interaktion mit TMEM24 Xiongwen Cao, Alexandra Khitun, Yang Luo usw.

Nature Communications 12, 508, 2021. doi: 10.1038/s41467-020-20841-6

7. Rekonstruktion der Geburt eines männlichen Geschlechtschromosomes, das im atlantischen Hering Rafati N, Chen J, Herpin A usw. vorhanden ist.

Proc Natl Acad Sci U.S.A. 29. September 2020; 117(39):24359-24368. doi: 10.1073/pnas.2009925117. Epub 2020 16. Sep. PMID: 32938798.

8. Überprüfung der CRISPR-Bearbeitung und der Suche nach transgenen Einsätzen durch Xdrop Indirekte Sequenzerfassung gefolgt von Kurz- und Langlesesequenzierung Blondal Thorarinn, Gamba Cristina, Jagd Lea M? oder usw.

Methoden. 2021 Juli; 191:68-77. doi: 10.1016/j.ymeth.2021.02.003. Epub 2021 12. Februar PMID: 33582298.

9. Xdrop: Zielgerichtete Sequenzierung von langen DNA-Molekülen aus Low-Input-Proben mit Tropfensortierung Madsen EB, H? ijer I, Kvist T usw.

2020 Sep; 41(9):1671-1679. Doi: 10.1002/humu.24063. Epub 2020 29. Juni PMID: 32516842; PMCID: PMC7496172.

10. Zellbasierte Langgelesene Gesamtgenomanalyse menschlicher Einzelzellen Joanna H? rd, Jeff E Mold, Jesper Eisfeldt usw.

2021bioRxiv 2021.04.13.439527;

11. Korrektur zu "Erzeugung einer Reihe isogener, gen-editierter iPSC-Linien, die homozygot für alle Haupt-APOE-Varianten sind, und einer APOE-Knock-Out-Linie Schmid B, Prehn KR, Nimsanor N, etc.

Stammzell Res. 2020 Sep 21; 48:102005. doi: 10.1016/j.scr.2020.102005. Epub vor dem Druck. Erratum für: Stem Cell Res. 2019 Jan; 34:101349. PMID: 32971461.

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Lizenz des Herstellers von Samplix: