Die Rolle des Vakuumsystems besteht darin, nicht kondensierbare Gase und Luft aus der Kältefalle zu entfernen, um einen Vakuumgrad aufzubauen, der die Sublimationsrate des Produkts aufrechterhalten kann. Ein hohes Vakuum reduziert effektiv den Widerstand des Wasserdampfgasstroms und vermeidet während des Trocknungsprozesses auch die Oxidationswirkung, da keine Luft vorhanden ist.

Wenn Vakuum gefriert trocknet, ist der Druck in der Kaltfalle nicht so gering wie möglich, sondern innerhalb eines bestimmten Bereichs zu kontrollieren. Der niedrige Druck fördert natürlich die Sublimation des Eises im Produkt. Da der Druck jedoch bei zu niedrigem Druck ungünstig für die Wärmeübertragung ist, ist es nicht einfach, Wärme zu erhalten, und die Sublimationsrate ist eher geringer.

Wenn der Druck zu hoch ist, verlangsamt sich die Sublimationsgeschwindigkeit des Eises im Produkt, so dass die Temperatur des Produktes selbst steigt, und wenn es höher ist als ein gewisses Maß, wird das Produkt schmelzen, was zu einem Gefriertrocknungsversag führt.